Teise maailmasõja lõpu aegu kaotab Tokyos elav 11-aastane Mahito tulekahju tagajärjel oma ema ning põgeneb koos isaga oma ema kodukülla. Nad asuvad elama vanasse mõisa suurel maavaldusel, kus paikneb ka üksik torn, mis on muutunud hallhaigru pesitsuspaigaks.

Mahitot valdavad vastakad tunded seoses oma isaga, kes töötab sõjamoona tootvas tehases, ning oma uue kasuema Natsukoga, kes on juhtumisi poisi ema noorem õde. Kõige tipuks hakatakse teda uues koolis kiusama. Mahito sai teada, et torni oli ehitanud tema emapoolne vanaonu, kes ühel päeval torni sees kadunuks jäi ja keda pole sellest ajast saadik nähtud. Ühel päeval kaob Natsuko jäljetult ning Mahito siseneb torni teda otsima. Haigru juhatusel satub poiss etteaimamatult suurele rännakule, mis viib ta täiesti uude maailma. Mahito leiab end veidrast paigast, kus kõrvuti eksisteerivad nii elavad kui ka surnud. Ta tutvub sealsete imetabaste elanikega ja avastab seeläbi ka mitmeid enda maailma saladusi.